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中国棉花
图/表 详细信息
棉花衣分和铃重的全基因组关联分析
杜霄, 龙遗磊, 谭彦平, 李丽丽, 王胤, 金珅, 杨伊楠, 艾先涛
棉花学报, 2024, 36(
6
): 455-473. DOI:
10.11963/cs20240018
图4
A05染色体上LP相关QTL
qLP-Gh5.18
的分析
A：GLM （Q）模型下基于BLUP值的LP曼哈顿图。染色体1~13代表A01~A13染色体，14~26代表D01~D13染色体。B：围绕A05染色体上的峰区的局部曼哈顿图，红色箭头示意
qLP-Gh5.18
中的snp497745；C：基于snp497745基因型的LP箱线图，****代表在0.000 1水平差异显著。D：108.85~109.11 Mb区间内SNP的LD热图。
本文的其它图/表
表1
300份棉花种质材料的来源
表2
衣分和铃重的统计分析
图1
不同环境下棉花衣分和铃重的相关性
*、**、***：0.05、0.01、0.001水平显著。
图2
300份陆地棉材料的群体结构、系统发育、主成分分析和连锁不平衡衰减分析
A：通过交叉验证确定最佳分群数；B：系统发育树；C：
K
= 6的群体结构分析；D：PCA分析；E：连锁不平衡衰减。
图3
棉花衣分和铃重相关QTL在染色体上的位置
染色体左侧数值为QTL的物理距离（Mb），右侧为QTL名称。
表3
5个重复检测到的稳定QTL
表4
LP和BW的候选基因及其注释
图5
A12染色体上LP相关QTL
qLP-Gh12.43
的分析
A：GLM （P）模型下基于E5的LP曼哈顿图；B：围绕A12染色体上的峰区的局部曼哈顿图，红色箭头表示
qLP-Gh12.43
中snp1691332；C：基于snp1691332基因型的LP箱线图，****代表在0.000 1水平差异显著；D：106.57~106.82 Mb区间内SNP的LD热图。
图6
D04染色体上LP相关QTL
qLP-Gh17.2
的分析
A：GLM （Q）模型下基于BLUP值的LP曼哈顿图；B：围绕D04染色体上的峰区的局部曼哈顿图，红色箭头表示
qLP-Gh17.2
中的snp2180718；C：基于snp2180718基因型的LP箱线图，**、***、****分别代表在0.01、0.001和0.000 1水平差异显著；D：3.80~3.96 Mb区间内SNP的LD热图。
图7
A07染色体上BW相关QTL
qBW-Gh7.5
的分析
A：GLM （P）模型下基于BLUP值的BW曼哈顿图；B：围绕A07染色体上的峰区的局部曼哈顿图，红色箭头表示
qBW-Gh7.5
区间的snp852852；C：基于snp852852基因型的BW箱线图，**代表在0.01水平差异显著；D：90.83~91.18 Mb区间内SNP的LD 热图。
表5
共定位的衣分与铃重相关QTL
图8
D06染色体上BW相关QTL
qBW-Gh19.5
的分析
A：GLM (Q)模型下基于E5的BW曼哈顿图；B：围绕D06染色体上的峰区的局部曼哈顿图，红色箭头表示
qBW-Gh19.5
中的snp2428027；C：基于snp2428027基因型的BW箱线图，*代表在0.05水平差异显著；D：64.22~64.56 Mb区间内的SNP的LD热图。
