提升新疆棉花种植的生态效率,有利于保障棉花安全和农业的绿色低碳发展。基于2012―2021年新疆棉花种植的相关数据,构建非期望产出数据包络分析模型(undesirable slacks-based measurement in data envelopment analysis, undesirable SBM-DEA)探讨新疆棉花种植的生态效率,并通过Tobit回归模型进一步分析了新疆棉花种植生态效率的影响因素。研究表明,新疆棉花产量高,但种植的生态效率整体呈“W”型变动趋势,DEA非有效期间投入要素存在冗余。制约新疆棉花种植生态效率的主要因素为农业机械的大量投入、农村居民可支配收入和财政支农水平提高后过度的要素投入造成的污染。研究结果可为科学引导棉农在棉花种植过程中合理投入要素提供科学依据。