棉花学报

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棉花衣分和铃重的全基因组关联分析

杜霄, 龙遗磊, 谭彦平, 李丽丽, 王胤, 金珅, 杨伊楠, 艾先涛

棉花学报, 2024, 36(6): 455-473. DOI: 10.11963/cs20240018

QTL	环境 Environment	SNP	等位基因^* Alleles	位置^* Position/bp	模型 Model	染色体 Chromosome	-lgP	PVE/%
qLP_Gh5.18	E1, E2, E3, E4, E5, BLUP	snp497745	G/A	108 999 846	1, 2, 3, 4	A05	11.00	14.35
qLP_Gh12.43	E1, E2, E3, E4, E5, BLUP	snp1691332	A/G	106 749 618	1, 2	A12	7.47	9.69
qLP_Gh17.2	E1, E2, E3, E4, E5, BLUP	snp2180718	T/C	3 864 566	1, 2, 3, 4	D04	7.12	10.69
qBW_Gh7.5	E1, E4, BLUP	snp852852	A/G	91 011 955	1, 2	A07	6.88	8.89
qBW_Gh19.5	E1, E5, BLUP	snp2428027	G/A	64 376 502	1, 2, 3, 4	D06	6.15	7.89

表3 5个重复检测到的稳定QTL

本文的其它图/表

表1 300份棉花种质材料的来源
表2 衣分和铃重的统计分析
图1 不同环境下棉花衣分和铃重的相关性 *、**、***：0.05、0.01、0.001水平显著。
图2 300份陆地棉材料的群体结构、系统发育、主成分分析和连锁不平衡衰减分析 A：通过交叉验证确定最佳分群数；B：系统发育树；C：K= 6的群体结构分析；D：PCA分析；E：连锁不平衡衰减。
图3 棉花衣分和铃重相关QTL在染色体上的位置染色体左侧数值为QTL的物理距离（Mb），右侧为QTL名称。
图4 A05染色体上LP相关QTL qLP-Gh5.18的分析 A：GLM （Q）模型下基于BLUP值的LP曼哈顿图。染色体1~13代表A01~A13染色体，14~26代表D01~D13染色体。B：围绕A05染色体上的峰区的局部曼哈顿图，红色箭头示意qLP-Gh5.18中的snp497745；C：基于snp497745基因型的LP箱线图，****代表在0.000 1水平差异显著。D：108.85~109.11 Mb区间内SNP的LD热图。
表4 LP和BW的候选基因及其注释
图5 A12染色体上LP相关QTL qLP-Gh12.43的分析 A：GLM （P）模型下基于E5的LP曼哈顿图；B：围绕A12染色体上的峰区的局部曼哈顿图，红色箭头表示qLP-Gh12.43中snp1691332；C：基于snp1691332基因型的LP箱线图，****代表在0.000 1水平差异显著；D：106.57~106.82 Mb区间内SNP的LD热图。
图6 D04染色体上LP相关QTL qLP-Gh17.2的分析 A：GLM （Q）模型下基于BLUP值的LP曼哈顿图；B：围绕D04染色体上的峰区的局部曼哈顿图，红色箭头表示 qLP-Gh17.2中的snp2180718；C：基于snp2180718基因型的LP箱线图，**、***、****分别代表在0.01、0.001和0.000 1水平差异显著；D：3.80~3.96 Mb区间内SNP的LD热图。
图7 A07染色体上BW相关QTL qBW-Gh7.5的分析 A：GLM （P）模型下基于BLUP值的BW曼哈顿图；B：围绕A07染色体上的峰区的局部曼哈顿图，红色箭头表示 qBW-Gh7.5区间的snp852852；C：基于snp852852基因型的BW箱线图，**代表在0.01水平差异显著；D：90.83~91.18 Mb区间内SNP的LD 热图。
表5 共定位的衣分与铃重相关QTL
图8 D06染色体上BW相关QTL qBW-Gh19.5的分析 A：GLM (Q)模型下基于E5的BW曼哈顿图；B：围绕D06染色体上的峰区的局部曼哈顿图，红色箭头表示 qBW-Gh19.5中的snp2428027；C：基于snp2428027基因型的BW箱线图，*代表在0.05水平差异显著；D：64.22~64.56 Mb区间内的SNP的LD热图。

ISSN 1002-7807　CN 41-1163/S
主管：中国科学技术协会
主办：中国农学会
主编：李付广

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