已发现的限制酶种类众多，Smith、HO和Nathans D于1973年提出了一个命名系统，已被学术界接受，其命名原则是根据分离出这种酶的细菌的分类学上的属名，种名和菌株名来命名。限制性内切酶命名分别为宿主属名第一个字母、种名前两个字母、菌株号、最后是菌株中分离出酶的序列号(罗马字)。前3个字母应该斜休，首字母大写，序列号为罗马数字。 

      举例说明：AluⅠ的得名为从中分离出的细菌属名和种名为Arthrobacter luteus，分离得到的第一种酶。从细菌Bacillus amyloliquefuciens H菌株分离出来的第一种酶命名为BamHI。EcoRI，其中E是属名Escherichia的第一个字母，co是种名coli的头2个字母，R为菌株号，序列号为I型。