棉 花 学 报       Cotton Science     2009，21(3)：243-247

AutoSSR ：大批量、高效开发和分析 SSR 基元的软件
王长彪^1，2，郭旺珍^1*，张天真¹，李燕娥²，刘惠民³
（1.南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室，南京 210095；2.山西省农业科学院棉花研究所，
运城 044000；3.山西省农业科学研究院，太原 030006）

摘要：为从大量的序列中快速发掘和利用简单序列重复 (微卫星， SSRs)，开发了一个软件工具—— AutoSSR 。该软件能够从一个包括大量 FASTA 格式的序列文件中发掘 SSR ，并分析不同 SSRs 类型的分布状况。与已开发的类似软件相比，该软件可以不受序列数量和不同系统平台的限制，高效、快速完成 SSR 信息的搜索和分析。利用该软件对 GenBank 上释放的来源于棉花、苹果和水稻的 DNA 序列进行了 SSR 发掘，得到了 36000 个 SSRs 。其中，对来源于棉花的 SSRs 信息，进一步利用 Primer 3 软件开发了位点特异性引物，为棉花基因组分析奠定了基础。
关键词：简单序列重复；表达序列标签；发掘；软件
中图分类号：S562        文献标识码：A
文章编号：1002-7807（2009）03-0243-05     [全文，1969KB]