棉 花 学 报 Cotton Science 2008，20(6)：418-424
雷蒙德氏棉和亚洲棉 SSR 重复序列类型和丰度差异比较 摘要：利用生物信息学相关方法对 NCBI 数据库中39277条亚洲棉（Gossypium arboretum L.）及 63588 条雷蒙德氏棉（ Gossypium raimondii L.）的 EST 序列共计 64.08 Mb（约相当于基因组的 6.02 ％）分别进行拼接，比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度差异。结果表明：拼接后的一致性序列中，亚洲棉比雷蒙德氏棉存在较高比例的单条序列簇；亚洲棉一至六碱基 6 种重复类型的 SSR 间隔距离分别比雷蒙德氏棉的大；亚洲棉中二到六碱基等 5 种重复类型的比例高于雷蒙德氏棉，但单碱基重复类型比例低于雷蒙德氏棉；两棉种的单碱基、四碱基和六碱基重复类型的优势重复基序和丰度也不同。因此，认为利用四、五、六碱基三种重复类型设计的 SSR 引物可以有效地鉴定亚洲棉和雷蒙德氏棉的基因组差异。对四倍体棉种的A、D亚组供体棉种中 SSR 的差异分析，为 SSR 标记开发、棉种起源和进化的深入研究提供更多有用的信息。
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